清城区地形以平原和低山丘陵为主。北部地区有海拔较高的飞霞山、笔架山、大帽山等山地,其位于清远附城江埗管理区内,距白庙渔村旅游区4公里,离飞来峡风景名胜区6公里的大帽山海拔778.9米,为清城区境内最高峰。东部地区主要是海拔较低的丘陵,坡度较少,是清城区林木、水果、药材等经济作物的生产地。清城区南部是北江冲积平原,是精耕细作、土地肥沃、高产稳产的水稻土,面积28万多亩,主要种植双季水稻,这里不仅是清城区主要的粮产区,也是广东省重点产粮区之一,每年粮食产量达14.6万吨以上。近年来由于清城区人口增长速度快,城市面积不断扩大,现在城市附近地区种植水稻面积下降较快,而种植高收入的蔬菜、花卉等农作物增加明显,这是城市化过程中市场需求变化的必然结果。